L’interno della chiesa è il risultato di numerosi interventi architettonici succedutesi nel tempo.
La chiesa presenta un impianto a croce latina a tre navate ripartite da due file di quattro colonne monoltiche, probabilmente di recupero, in granito orientale del II sec. d.C. e terminanti con capitelli compositi che sorreggono archi a tutto sesto a sezione torica, frutto di un intervento succesivo ad un crollo che interessò buona parte dell’edificio agli inizi del cinquecento. Questo intervento è testimoniato da una epigrafe posta sopra un’arcata del lato destro della navata centrale.
Le navate sono coperte con tetto a falde su capriate lignee come le antiche basiliche; il doppio transetto, costruito nel XIV secolo su pilastri polistili (uno dei quali fu ricostruito dopo il crollo del 1826) orientati in senso diagonale rispetto all’asse della chiesa e volte ogivali elegantemente affrescate, testimonia il passaggio tra la fase romanica e quella gotica.
L’abside a pianta quadrata del XVII secolo, su modello della Cattedrale, è chiusa da una volta a botte decorata a cassettoni. La pavimentazione è in marmo rosso di Prodo e travertino. Nella navata di sinistra si evince un grande arco ribassato, che alcuni studiosi individuano come l’antico accesso alla chiesa o ad una cappella intitolate a S. Bartolomeo.
Il pilastro di destra del transetto presenta una particolarità del basamento che, a prima vista, può sfuggire. Se si osserva con attenzione la base costruita con blocchi di basalto, si nota su di un angolo il resto di un elemento scolpito con evidente forma zoomorfa. Tale residuo lapideo non appare come una aggiunta bensì nativamente connesso alla pietra della base: potrebbe quindi essere datato al XIII sec.. Dato lo stato di conservazione, però, non è facile definire con certezza quale animale possa essere rappresentato.
Se osservato lateralmente, la conformazione ricorda quella di una rana, mentre visto frontalmente è più immediata l’associazione ad una tartaruga.
Rana e tartaruga sono due simboli cristiani che hanno significati opposti:
- la tartaruga deriva il suo nome dal greco tartarugos che significa “abitante del tartaro” (cioè degli inferi, delle tenebre) questo a causa delle sue abitudini. Egli, infatti, vive per lunghi periodi in letargo sottoterra e, quando ha paura, si nasconde dentro il suo guscio. Per questi motivi, pur essendo un animale mite e tranquillo, è stato identificato come il simbolo del male.
- la rana, invece, nei primi decenni del cristianesimo era uno dei tanti simboli dei cristiani in quanto la sua alta prolificità simboleggiava la facilità di moltiplicarsi dei cristiani stessi. Per via delle sue metamorfosi, inoltre, è anche un antico simbolo di resurrezione. I primi Cristiani avevano nelle chiese lampade con la forma di una rana a significare che il battesimo con l’acqua conduceva all’immortalità.